Сюжет фильма состоит из нескольких параллельных линий, проложенных в разных временах и пространствах. Писатель пишет фантастический роман о будущем, но вспоминает при этом свое прошлое. Вымысел и воспоминания накладываются на реальность, создавая странное пространство, где главными становятся нереализованные мечты, несбывшиеся надежды, и тайные желания…

В сиквеле сюжет разворачивается вокруг нового персонажа, Ника, неожиданно обнаружившего в себе способность перемещаться во времени. Как и в оригинале, любое вмешательство в прошлое непредсказуемом образом сказывается на настоящем.

Супермен возвращается после того, как он таинственно исчез несколько лет назад. И пока старый враг планирует раз и навсегда лишить его сил, Супермен сталкивается с горькой правдой — Лоис Лэйн, женщина, которую он любит, уже живет своей жизнью. Или нет? Он снова старается наладить отношения между ними, одновременно пытаясь найти себе место в мире, который уже научился справляться с бедами и выживать без его помощи…

В недалеком будущем космический корабль терпит бедствие, в результате чего совершает вынужденную посадку на отдаленной планете. Но врезультате такой посадки погибает командир корабля, часть команды и большинство пассажиров.
Оставшиеся в живых оказываются одни на жуткой и безжизненной планете. Первое, что бросается в глаза — это то, что планета имеет три солнца, и-за чего все живое погибает в этой пустыне. Но как только планета погружается в темноту, появляются какие-то странные существа…

Действие происходит в альтернативном будущем. После того как, на Землю упал метеорит, стали проявляться странные смерти — люди просто падали на месте без видимой причины. Вскоре стало известно, что причиной смертей являются фантомы, оказавшиеся на Земле вместе с метеоритом. Остатки человечества срочно эвакуировались на орбиту. После долгих исследований в области энергетического обмена людям удалось разработать биотехнологии, основанные на энергии духа, помогающие противостоять призракам, удалось оживить ограниченные районы нескольких городов мира — Нью-Йорк, Лондон, Париж, Москву. Они были закрыты энергетическими щитами, способными противостоять фантомам. Вскоре было разработано и оружие, основанное на той же энергии. Дальнейшие разработки в этой области привели к тому, что учёные под руководством доктора Сида, основателя биоэнергетики, вывели гипотезу «Геи», состоящую в том, что планета обладает собственной душой, и души всех живых существ приходят из этого духа и возвращаются к нему, обогащая его своим опытом.
Основа сюжета состоит в противостоянии учёных и военных на фоне любви главных героев. Аки Росс, прекрасный учёный, была заражена инопланетным фантомом и только благодаря работам доктора Сида смогла выжить и продолжить поиск способа нейтрализации фантомов. Когда об этом узнал Совет Земли, главнокомандующий вооружёнными силами Земли генерал Хейн, приказывает капитану Грею Эдвардсу следить за доктором Росс, а при первых признаках контроля фантомом её сознания — арестовать и доставить для дальнейшего «изучения».
Желая подстегнуть Совет Земли в ускорении применения орбитального орудия Зевс, генерал Хейн решился на отчаянный поступок и отключил на время защиту Нью-Йорка. Но включить её обратно не удалось и город в считанные минуты был уничтожен фантомами.

Париж, 2020 год. Хирург, специализирующийся на новых технологиях и ее дочь попадают в ужасную автомобильную аварию. Врач спасает жизнь дочери, используя свои разработки и воздействуя на ее мечты и воспоминания. В это же время полицейский Хофман в результате бандитской перестрелки, теряет своего напарника и жену. Хофман жаждет отмщения и поэтому, как только получает нового напарника, начинает охоту за преступником, убившем самых дорогих ему людей. Расследование неожиданно приводит Хофмана к хирургу, ее клинике, загадочным разработкам и исследованиям, проводящихся там.